1-10 октября 2016 года состоялся визит делегации Русской Православной Церкви в Японию. Делегацию православной молодежи в Страну восходящего солнца пригласил Чрезвычайный и Полномочный посол Японии в России Тоёхиса Кодзуки во время встречи со Святейшим Патриархом Московским и всея Руси Кириллом 24 августа с.г.
По благословению председателя Отдела внешних церковных связей митрополита Волоколамского Илариона была сформирована делегация молодых священнослужителей и мирян, в состав которой вошли: ректор Николо-Угрешской семинарии игумен Иоанн (Рубин); настоятель Никольского храма поселка Правдинский Московской области протоиерей Кирилл Соколов; настоятель храма святых мучениц Софии и Татианы при Филатовской детской больнице Москвы священник Андрей Колганов; настоятель архиерейского подворья во имя святителя Макария Алтайского (Горноалтайская епархия) иеромонах Серафим (Бубнов); клирик Никольского храма Красногорска священник Николай Щеглов; руководитель Службы коммуникации ОВЦС священник Илия Косых; сотрудник ОВЦС Д.И. Петровский; референт Секретариата ОВЦС по межправославным отношениям Н.Б. Демушкина и руководитель китайского православного интернет-проекта, научный сотрудник Института Дальнего Востока РАН Л.А. Афонина. Поездка была организована Японо-российским центром молодежных обменов.
1 октября члены делегации в священном сане сослужили митрополиту Токийскому и всей Японии Даниилу за Божественной литургией, которую Предстоятель Японской Автономной Православной Церкви совершил в Воскресенском кафедральном соборе Токио, широко известном как Николай-до (храм Николая) — по имени святого равноапостольного Николая Японского, принесшего православную веру на землю Японии. После богослужения гости из России приветствовали митрополита Даниила и передали ему наилучшие пожелания от Святейшего Патриарха Кирилла и митрополита Волоколамского Илариона. На молитвенную память митрополиту Даниилу были переданы панагия, икона святителя Луки Крымского с частицей мощей и часть тиража фильма митрополита Волоколамского Илариона «Православие в Японии» на японском языке.
В тот же день российская делегация поклонилась мощам святого равноапостольного Николая Японского, которые покоятся на токийском кладбище Янака, и вознесла молитвы об упокоении погребенных здесь митрополитов Сергия (Тихомирова) и Феодосия (Нагасимы), а также епископа Николая (Оно).
5 октября делегация Русской Православной Церкви посетила Благовещенский храм в Киото, а 8 октября — Воскресенский храм в Хакодате. У поклонного креста на православном кладбище Хакодате, установленного попечением благотворительного Фонда святителя Григория Богослова и освященного Святейшим Патриархом Московским и всея Руси Кириллом в ходе Первосвятительского визита в Японию в 2012 году, клирики Русской Церкви вознесли молитвы о всех почивших православных христианах, а на могиле епископа Петра (Арихары) возгласили «Вечную память».
9 октября игумен Иоанн (Рубин) в сослужении членов делегации в священном сане возглавил служение Божественной литургии в храме благоверного князя Александра Невского в токийском районе Мэгуро — подворье Русской Православной Церкви. После сугубой ектении была вознесена молитва о мире на Украине. На заупокойной ектении присутствовавшие помолились об упокоении души почившего накануне архимандрита Александра (Пихача), представителя Православной Церкви в Америке при Патриархе Московском и всея Руси.
Во время пребывания в Токио 4 октября российскую делегацию принял заместитель председателя Либерально-демократической партии Японии, председатель депутатской группы японского парламента «За дружбу с Россией», председатель Общества дружбы Японии и России М. Комура. На встрече присутствовал Чрезвычайный и Полномочный посол Российской Федерации в Японии Е.В. Афанасьев. Представители Русской Православной Церкви в тот же день встретились с депутатом верхней палаты японского парламента, председателем комитета по внешним связям Либерально-демократической партии Японии М. Адати и депутатом нижней палаты парламента Японии, специальным советником премьер-министра М. Сибаямой. В ходе встреч с японскими политиками обсуждались вопросы развития гуманитарных связей России и Японии и позитивная роль религиозных контактов в увеличении взаимопонимания между народами.
7 октября делегация посетила мэрию Хакодате, где встретилась с начальником отдела планирования Т. Танедой. На встрече также присутствовали генеральный директор Японо-российского центра молодежных обменов Ш. Ватанабэ и глава отделения в Хакодате Генерального консульства России в Саппоро консул Б.Е. Соколов. Делегация молодых священнослужителей и мирян Русской Православной Церкви посетила в Хакодате филиал Дальневосточного федерального университета, здание бывшего консульства России и буддийский монастырь Дзицугедзи, где первоначально размещалась российская дипломатическая миссия во главе с первым консулом И.А. Гошкевичем (1814-1875).
Во время пребывания в Японии гости из России также посетили университет Кокугакуин в Токио, университет Рюкоку в Киото, буддийский монастырь Содзидзи и синтоистский храм Мэйдзи в Токио, буддийские храмовые комплексы Нисихонгандзи, Рёандзи (сад камней) и Кинкакудзи (Золотой храм) в Киото, прочие культурные и исторические достопримечательности Страны восходящего солнца.
По дороге из Москвы в Токио делегация совершила транзитную остановку в Шанхае, где православных священнослужителей тепло принял генеральный консул Российской Федерации в этом городе А.Н. Евсиков. Клирики и миряне Русской Православной Церкви посетили Никольский храм, где на протяжении последних лет возглавляемая протоиереем Алексием Киселевичем православная община Шанхая имела возможность совершать богослужения, арендуя храмовое здание у муниципальных властей. В здании кафедрального собора в честь иконы Божией Матери «Споручница грешных» гости из России пропели тропарь и величание святителю Иоанну Шанхайскому.